Маттиас Шнайдер родился в Мюнстере (Вестфалия). Учился в консерваториях и университетах Мюнстера, Эссена и Базеля (в 1984 году сдал государственный экзамен по церковной музыке, в 1995 году получил учёную степень по музыковедению) и участвовал во многочисленных мастер-классах. С 1984 по 1993 годы служил органистом и руководителем хора в городской церкви Шопфхайма, а также лектором и научным ассистентом в Базельском университете (Швейцария). С 1989 по 1995 годы служил доцентом – преподавал игру на органе – в Гейдельбергском институте церковной музыки.
Маттиас Шнайдер постоянно концертирует в Западной и Восточной Европе. Его публикации включают в себя исследование по исполнению хоральных фантазий Букстехуде, очерки об органной музыке Иоганна Себастьяна Баха и недавнюю двенадцатитомную энциклопедию церковной музыки. Маттиас Шнайдер записал несколько компакт-дисков. Шнайдер – соредактор влиятельного журнала по церковной музыке «Музыка и Церковь», «Ежегодника по литургике и гимнологии» и издания по изучению наследия Букстехуде. С 2013 года – президент Международного общества друзей органа («Gesellschaft der Orgelfreunde e.V.»). Профессор церковной музыки в Университете Грайфсвальда, преподаёт главным образом органную литературу и импровизацию. Помимо проведения занятий по органу, читает лекции по музыковедению, литургике, гимнологии и исполнительству. В 1996 году основал «Грайфсвальдскую летнюю органную академию».
