Екатерина Кофанова родилась в Минске в семье музыкантов. После окончания Республиканского музыкального лицея при Белорусской академии музыки поступила в Московкую государственную консерваторию им. П.И. Чайковского, где обучалась по специальностям музыковедение (класс доктора искусствоведения, профессора И.А. Барсовой) и орган (класс профессора А.А.Паршина). Ее научные исследования в области английской музыки эпохи Возрождения получили поддержку Российского гуманитарного научного фонда. Окончив аспирантуру и защитив кандидатскую диссертацию, Екатерина Кофанова была принята в Белорусскую государственную академию музыки в качестве преподавателя истории западноевропейской музыки и органа.
Дебют Екатерины Кофановой как органистки состоялся еще в годы учебы в лицее на сцене Большого зала Белорусской государственной филармонии. С тех пор она регулярно выступает с концертами в Беларуси, России, Германии, Голландии, Швейцарии и других европейских странах. В ее репертуаре произведения самых различных эпох и жанров, от барокко до современности. Участие в музыкальных фестивалях и мастер-классах ведущих европейских органистов способствовало совершенствованию исполнительского мастерства. Oна была удостоена дипломов престижных международных конкурсов АРД в Мюнхене (Германия) и Сент-Альбан (Великобритания) и первой премии конкурса Premio Valentino Bucchi (Рим, 2006). В качестве стипендиата немецкого фонда ДААД Екатерина Кофанова получила возможность продолжить свое образование в Германии в Высшей школе церковной музыки в г. Гейдельберг, где она с отличием окончила сольный класс под руководством профессора Мартина Зандера. В настоящее время Екатерина Кофанова работает органисткой в столице Швейцарии г. Берне.